Vamos usar um pouco de lógica.... O circuito onde está o capacitor é este
Se o circuito não estiver ligado ao microcontrolador, tem de ter 5V...
Se não tiver 5 V na entrada do resistor de R5 é porque a alimentação não chega lá.
Se a tensão de alimentação chega ao R5 e no outro lado está zero, algo está em curto ou com excesso de consumo.
Para ter a certeza que não é o capacitor, levante um dos lados, o circuito funcionará sem o capcitor.
Apenas com o capacitor em curto ou com um fuga muito grande pode causar problemas no circuito.
Sem nenhum conector ligado e desligado do Microcontrolador, terá que ter tensão 5V no JP13.
Se não existir 5 V com tudo desligado, seguir a aliemntação.
Se apenas com alguma coisa ligada não tem os 5V, o que está ligado ao JP13 está em curto ou a provocar esse problema por excesso de consumo.
Se com a linha do microcontrolador ligado estiver baixo, verificar se o código não está a colocar essa saída low.