Pelo que julgo saber, o arduino liga ao mathlab pela porta série do PC (mesmo que seja emulada através da USB) ... portanto, isto quer dizer que vão ser usados comandos pela RS232.
O que eu faria no seu lugar, era fazer do arduino uma espécie de sniffer, para ler os comandos que o mathlab envia pela porta série para tentar estabelecer a ligação. Depois de conhecer a sequência de inicialização, introduzia na rotina do interrupt da RS232, um pequeno código que descodificasse a sequência recebida, procurasse pela sequência de inicialização e validasse uma flag booleana de que o arduino se estava a ligar.
Boa sorte
PS: Não gosto do arduino, prefiro ser eu mesmo a codificar tudo de raiz na pic.
